Modelet e homologjisë mund të përdoren gjithashtu për të identifikuar dallimet delikate midis proteinave të lidhura që nuk janë zgjidhur të gjitha në mënyrë strukturore . Për shembull, metoda u përdor për të identifikuar vendet lidhëse të kationeve në Na+/K+ ATPazë dhe për të propozuar hipoteza rreth afinitetit të lidhjes së ATP-azave të ndryshme.
Për çfarë përdoren modelet e homologjisë?
Modelimi i homologjisë është një nga metodat llogaritëse të parashikimit të strukturës që përdoret për të përcaktuar strukturën 3D të proteinës nga sekuenca e saj aminoacide. Konsiderohet të jetë më e sakta nga metodat e parashikimit të strukturës llogaritëse. Ai përbëhet nga hapa të shumtë që janë të drejtpërdrejtë dhe të lehtë për t'u zbatuar.
Çfarë është modelimi homologjik dhe pse është i nevojshëm?
Modelimi i homologjisë merr strukturën tredimensionale të një proteine të synuar bazuar në ngjashmërinë midis sekuencave të shabllonit dhe objektivit dhe kjo teknikë provon të jetë efikase kur bëhet fjalë për studimin e proteinave të membranës që janë të vështira për t'u kristalizuar si GPCR pasi ofron një shkallë më të lartë të të kuptuarit të …
Si e bëni një model homologjie?
ka disa hapa të përfshirë në modelimin e homologjisë
- zgjedhja e shabllonit duke përdorur sekuencën tuaj të synuar. Për këtë qëllim, ju mund të bëni kërkimin BLASTp kundrejt të gjitha strukturave proteinike të disponueshme (PDB). …
- Rreshtimi i shabllonit dhe sekuencës së synuar. …
- Cilësia e modelit tuaj. …
- Përsosjetë modelit tuaj në përputhje me rrethanat.
Çfarë e bën një modelim të mirë homologjik?
Nëse përcaktojmë një "model homologjik shumë të suksesshëm" si një që ka <=2 Å rmsd nga struktura empirike, atëherë shaboni duhet të ketë >=60% identitet të sekuencës me objektivin për një sukses norma >70%. Edhe me identitete të sekuencave të larta (60%-95%), deri në një në dhjetë modele homologjike kanë një rmsd >5 Å kundrejt
