Meqë sonikimi mund të degradojë potencialisht proteinat dhe denatyrojëepitope proteinike, më pas vlerësuam ndikimin e sonikimit në integritetin e proteinave.
A mund të dëmtojë sonikacioni proteinat?
Përgjigjet popullore (1)
Protokolli standard i sonikacionit përkundrazi nuk mund të shkaktojë fragmentim të proteinave - energjia është shumë e ulët. Nuk duhet të shkaktojë as denatyrimin e tij. Mund të denatyrohet kur e sononi për një kohë të gjatë dhe e mbinxehni kampionin. Nëse përdorni kromatografinë e nikelit, brezat e tjerë mund të jenë thjesht papastërti.
A mundet që sonikimi të thyejë lidhjet peptide?
Sonicizimi normalisht nuk mund të shpërbëjë strukturën parësore të një proteine sepse ajo strukturë (sekuenca e aminoacideve) është e ndërtuar nga lidhje kovalente të cilat janë shumë herë më të forta se lidhjet e hidrogjenit dhe sonikimi mund të siguroni energjinë e nevojshme për të thyer ato lidhje.
A e thyen tingulli membranën bërthamore?
Një sonikimi i shkurtër me energji të ulët mund të prishë membranën plazmatike pa thyer shumë membrana mitokondriale ose bërthamore që prodhojnë mitokondri taktike.
A është i nevojshëm sonikimi për nxjerrjen e proteinave?
Tretifikimi i detergjentit (p.sh. SDS) që kërkohet për izolimin e proteinave të membranës rezulton në një ngjitës si lizati kryesisht për shkak të acideve nukleike. Prandaj, në raste të tilla kërkohet sonikimi për të prishur këto acide nukleike. Sonication gjeneron shumë nxehtësi dhe nuk është i mirë përshumë proteina.
